菊田神社是在弘仁年間(西元810年)創建的神社，自古被當地居民稱作「久久田大明神」，當地人將神社當作產土神祭祀，將舊曆的9月19日定為例祭的日子。

在神社守護之下的居民與鄰近地區的居民結緣，也人丁興旺起來，健康、長壽的人也變多，因此，當地人相信久久田大明神是結緣的神明、除去厄難的神明、安産的神明等。

治承4年(西元1180年)，由於平清盛政變，藤原氏因反平氏親貴被流放，從相模国(現在神奈川縣)乘船，最後在菊田神社的這處上陸。

藤原師經、藤原師長卿等人認為能平安到達此地，是因為神社祭神的庇護，所以非常感念神社的主祭神，所以將其祖先人皇六十代醍醐天皇的御宇延喜左大臣藤原時平命在神社中合祀；後來藤原師經一族又移居至三山地區(現在的二宮神社)。

菊田神社與二宮神社間，除了都祭祀著藤原時平公外，還有另一個相關聯，就是菊田神社境內的水池的源頭是二宮神社境內的小川「サムカハ」。